Všechny druhy Coffea jsou diploidní (2n=2x=22), s výjimkou Coffea arabica, která je tetraploidní (2n=4x=44).
Coffea arabica, divoký předek všech komerčních kávových kultivarů druhu po celém světě, je endemický v hornaté krajině deštných pralesů v Etiopii. Tyto lesy obsahují nejdůležitější genovou skupinu tohoto druhu. Je to samosprašný druh, což částečně vysvětluje jeho sníženou genetickou rozmanitost. Čím širší je genetická rozmanitost druhu, tím větší je jeho schopnost odolávat výzvám, jakými jsou nemoci, škůdci a měnící se počasí. Výsledky studií genetické rozmanitosti ukazují, že Coffea arabica má velmi malou rozmanitost, mnohem menší, než se očekávalo. Díky tomu je tento druh obzvláště zranitelný vůči chorobám, změně klimatu a dalším hrozbám.
Právě nedostatek genetické rozmanitosti ve všech studovaných populacích naznačuje nutnost zachování divokého genového fondu Coffea arabica. Ve svém původním areálu je ohrožena zvyšujícím se antropogenním narušením, změnou opylovačů, rozptylem pylu.
Znalost genetického původu kávových odrůd a kultivarů v těchto dvou druzích je důležitá pro pochopení hlavních rozdílů a podobností jejich chemického složení a chuti. Káva přitahovala pozornost badatelů a botaniků z celého světa už od svého objevu, zejména pak ve druhé polovině 19. století, kdy bylo objeveno mnoho nových druhů. Kvůli velké variabilitě typů kávových rostlin a semen se botanici nedokázali dohodnout na přesném a jednotném systému, který by je klasifikoval, nebo dokonce označil některé rostliny jako skutečné členy rodu Coffea.
Znalosti o kávovníku a jeho charakteristikách jsou zásadní pro porozumění praktickým tématům pěstování kávy, jakož i tématům souvisejícím s interakcí s prostředím a jeho reakcemi na biotické a abiotické stresy.
Tradiční kultivary Coffea arabica pocházejí ze dvou úzkých genetických základen a vykazují homogenní agronomické chování charakterizované vysokou náchylností k mnoha škůdcům a chorobám. Nízká genetická rozmanitost vykazovaná divokými genotypy Coffea arabica značně omezila úspěch šlechtitelských programů založených na vnitrodruhových hybridech. Pěstitelé se proto zaměřili na přenos znaků z jiných druhů. Doposud byl druh Coffea canephora hlavním zdrojem rezistence, která u Coffea arabica chybí. Do šlechtitelských programů bylo ale v posledních desetiletích zapojeno i několik dalších druhů, které zajišťují vyšší rozmanitost a adaptaci různým prostředím. Genetické zdroje kávy představují cenné zdroje pro zavádění nových vlastností do kultivarů obou hlavních druhů. Genom druhů kávy vykazuje silnou afinitu, což umožňuje produkci mezidruhových hybridů. Přenos požadovaných genů do kultivarů Coffea arabica lze účinně řídit pomocí výběru podporovaného molekulárními markery. Nástup rozsáhlé molekulární genomiky brzy poskytne přístup k dříve nepřístupným zdrojům genetických variací, které by mohly být využity v šlechtitelských programech.